Richtlijnen worden in de praktijk niet altijd toegepast, zo blijkt uit verschillende studies. Zo wees een onderzoek naar de breedte van fietspaden uit dat 60% van de fietsstroken langs 50km/uur-wegen smaller was dan is aanbevolen in de richtlijnen [36]. Uit onderzoek dat in 2014 is uitgevoerd [37], blijkt dat bijna de helft van de zeventig ondervraagde gemeenten niet kon aangeven of hun fietsinfrastructuur in het algemeen voldoet aan de Ontwerpwijzer fietsverkeer. Uit observaties in twee gemeenten blijkt dat vooral de richtlijnen voor de breedte van de fietspaden, ribbelmarkering vóór fietspaaltjes en de obstakelvrije afstand, vaak niet worden toegepast [37]. Onderzoek naar toepassing van de ontwerpsuggestie ‘Seniorenproof wegontwerp’ in 2017 [38] liet zien dat zowel de zelfgerapporteerde, als de gemeten benutting van de ontwerpsuggesties laag is, lager dan die van de Ontwerpwijzer fietsverkeer.
Er zijn meerdere redenen waarom richtlijnen niet worden toegepast. Zo kan er onvoldoende ruimte beschikbaar zijn, zijn de kosten te hoog of is er gebrek aan prioriteit. Soms zijn er ook inhoudelijke redenen om van de richtlijnen af te wijken: er zijn dan verschillende verkeersveiligheidsbelangen die met elkaar in tegenspraak zijn.
